與電痙攣治療不同，實施經顱多普勒治療不需要進行全身麻醉，絕對禁忌癥暴力頭部的任何的部位使用鐵磁材料。這種材料包括：人工植入耳蝸、植入大腦刺激器或是電極、動脈瘤夾和板或是螺絲等，但是不局限于這些，冠脈支架也排除在經顱多普勒治療之外，因為它有造成刺激器產生的電流形成的短路的危險。

　　此外，考慮到治療后會發生癲癇引起的潛在軀體或是神經系統的嚴重后果，顱內壓增高，嚴重的心血管疾病和其他嚴重的醫療情況，我們需要對風險獲益進行仔細的評估。

　　一旦病人簽署知情同意書和經過仔細排查治療過程中的任何風險，治療就可以按照具體的方案進行，常用的篩選工作是經顱磁刺激承認安全篩查表，這一期都是在受試者同意的情況進行實施的。

　　操作者應該先詢問一些可能會影響到運動閥值的居停情況， 如睡眠的時間，應用的咖啡因飲料或是服用其他的藥物或是新藥物等，適當的臨床管理也是關注受試者潛在副作用的優先考慮，注意輕受試者拿掉可能受到鐵磁物品，尤其是發卡或是耳環等，一直到治療的結束。

　　準備就緒之后，輕受試者坐在一張椅子上，為了使受試者感到舒適，可以講座椅傾斜，一些制造商還可以設計一個專用的椅子，這樣方便進行治療。目前經顱多普勒治療儀廣泛的應用于對癲癇或是運動障礙和疼痛中，能夠應用于語言和記憶方面，以便對患者進行很好的治療疾病的效果。